市轨道站内设7个科室，分别为办公室、综合科、技术科、监督一科、监督二科、监督三科、监督四科。 

办公室主要负责站行政、党建、人事、财务、档案、固定资产管理和后勤保障等工作； 

综合科主要负责站业务工作的综合协调、组织、督查等工作； 

技术科主要负责行政事项办理、信息化建设、技术规范管理等工作；

监督科主要负责监督范围内工程现场质量安全监督工作。目前监督范围为： 

监督一科：地铁5号线、4号线二期、3号线三期、宁滁城际（南京段）;

监督二科：地铁6号线、11号线；

监督三科：地铁7号线、10号线二期、宁马城际（南京段）；

监督四科：9号线、宁扬城际（南京段）。