市轨道站内设7个科室，分别为办公室、人事计财科、综合科、技术科、监督一科、监督二科、监督三科。

办公室主要负责站行政、党建、档案和后勤保障管理等工作；

人事计财科主要负责站人事、财务、采购、国有资产、档案（人事、财务）管理等工作；

综合科主要负责组织各类专项巡查、质量安全评价、行政处罚等工作；

技术科主要负责组织工程验收监督、质量安全监督技术研究管理和信息化建设等工作；

监督科主要负责监督范围内的工程现场质量安全监督及市场行为监测等工作。目前监督范围为：

监督一科：4号线二期、宁滁线（跟进负责3号线三期、5号线）；

监督二科：11号线（跟进负责6号线）；

监督三科：9号线、宁扬线（跟进负责7号线、10号线二期、宁马线）。